外商投资法作为企业特别法，本应在公司法律制度体系统一完善的基础上形成与发展，然而20世纪80年代我国改革开放和经济体制改革的发展现状决定了我国企业立法的特殊性，外商投资法在经济立法刚刚起步的时候，应对外开放广泛吸收投资之要求逐步形成。正如赵旭东老师所说的，“虽然这一立法的历史进程背离了按部就班的立法逻辑，但它又是无奈的权益安排，是不得已的立法选择，时势造法，是谓这一历史过程的真实写照。”
一、外商投资法与公司法的冲突
2005年《公司法》第218条将1993年《公司法》第18条修改为：“外商投资的有限责任公司和XX公司适用本法；有关外商投资的法律另有规定的，适用其规定”，将适用对象扩大到外商投资的XX公司。至于外商投资特别法律规定与公司一般法律规定之间的关系并未发生颠覆性变革。换言之，《公司法》与外商投资企业立法仍为一般法与特别法的关系。
此为二者经常发生冲突之原因，或者称之为外商投资法与公司法的具体规则的区别。
（一）投资主体方面
《公司法》对于股东的资格包括国籍并无任何限制，《中外合作经营企业法》和《中外合资经营企业法》
将外方投资者界定
为“外国公司、企业和其他经济组织或个人”等四类主体，而对中方投资者的界定中只有“中国的公司、企业和其他经济组织”，没有“个人”。这一限制对中国的个人投资者来说显然不公，在市场经济条件下，出现大批有着雄厚经济实力的私人投资者，如果仍按照现行外商投资企业法的规定，这些人是不能成为中外合资、合作企业的中方投资者的，其投资的形式只能是先组建公司、企业或者其他组织，再以公司、企业及其他组织的形式同外商合资或合作，这显然对中方投资者的投资积极性产生消极影响，徒增不必要的交易成本。另外一种变通的方法是外商并购境内公司，被并购公司的中国自然人股东经批准可继续作为变更后所设外商投资企业的中方投资者。需要特别指出的是：按照原《外国投资者并购境内企业暂行规定》，中国自然人必须在原公司担任股东1年以上，才可以成为变更后的外商投资公司的股东，而新的并购规定已经取消了自然人股东持股1年以上的限制。
再者，根据《中外合资经营企业法实施条例》的第七条规定，中国的审批机构只是审查中外合营各方共同提交的各项文件，并未明确规定外国投资者的身份证明材料，可见中国的审批机关没有审查外国投资者是否具有投资主体资格的法定义务，而在实践中外方投资者利用外资欺诈的案例已屡见不鲜。
（二）企业设立程序方面
申请设立外商投资公司、变更公司的登记事项，均实行绝对
审批制，不像一般的内资公司那样直接向工商登记部门办理设立登记或变更手续即可。此前，还需报经对外经济贸易主管部门进行审查批准，同意设立或允许变更的，经商务部门发放批准证书后方可办理工商登记事项。
（三）企业治理机构方面
《公司法》明确规定，有限责任公司应当设立股东会、董事会和监事会作为公司组织机构，而股东会会议由股东按照出资比例行使表决权，兼采资本多数决规则。而《中外合资经营企业法》将中外合资经营企业界定为“有限责任公司”，但第6条规定：“董事会根据平等互利的原则，决定合营企业的重大问题。董事会的职权是按合营企业章程规定，讨论决定合营企业的一切重大问题。”正如《中外合资经营企业法实施条例》第30条所说，“董事会是合营企业的最高权力机构，决定合营企业的一切重大问题”。《中外合作经营企业法》第12条亦是如此规定。至于股东会和监事会则榜上无名，而且董事会实行一人一票规则和人头多数决规则，董事会职权也与《公司法》规定的国内有限责任公司董事会的不一样。
（四）资本制度方面
外国投资企业的投资方可以在公司设立后一次或分期缴纳
所认缴的出资，如《中外合资经营各方出资的若干规定》规定，一次性缴清的应在营业执照签发之日起6个月内缴清，而对分期缴纳的，仅对第一期出资的数额及期限作了规定，即第一期出资
外资企业法不得低于各方认缴的出资额的15%，并且应当在营业执照签发之日起3个月内缴清。这一资本制度类似英美法系的授权资本制，显然与我国《公司法》中以股东实际缴纳的资本数额作为确定公司注册资本依据的法定资本制度明显不同，从而形成了我国两种资本制度并轨的局面，造成法律适用上的混乱，也不利于市场主体之间的公平竞争。
（五）企业待遇方面
1.税收优惠。《外商投资企业和外国企业所得税法》对外资企业实行分地区、有重点、多层次的税收优惠办法，创设了所谓的“超国民待遇原则”，既违反WTO规则中的国民待遇原则，也为《补贴与反补贴措施协议》所禁止。由于外商投资企业实质上是中国企业，对外商的税收优惠转变为对此类“中国企业”的优惠，这种“超国民待遇”使外商投资企业与我国内资企业在税收环境方面的地位极不平等。
2.外贸经营限制的优惠。《对外贸易法》规定，外商投资企业进口企业自用的非生产物品、企业生产所需的设备、原材料和其他设备，出口其生产的产品，不用再办理对外贸易法所要求的获得外贸经营权的许可。（六）隐名投资方面朱慈蕴教授对外商投资企业隐名投资持特别谨慎的态度，因为隐名投资毕竟有一个规避法律的问题，这个法律如果是恶法的话，则规避是情有可原的，如果法律在现实中存在对所有人都是公平的，那么规避是对其他人不公平的。同时，管晓峰教授提出，
外资企业隐名股东的存在也易发生内讧，有可能导致公司僵局。此外，外资企业隐名股东变成内资企业，
规避法律享有的财政、税收方面的优惠所取得的利益算不算不当得利，这个在现行法律中并无明确规定。
（七）解散清算方面
新公司法实施后，在《第二次全国涉外商事海事审判工作会议纪要》第九十二条仍规定：外商投资企业终止之前，必须根据《外商投资企业清算办法》的规定进行清算；外商投资企业不能进行普通清算而进行特别清算的，由企业审批机关或其委托的部门负责组织。但《关于外商投资的公司审批登记管理法律适用若干问题的执行意见》第二十二条规定：外商投资的公司解散事由出现后，公司未在新《公司法》规定的期限内成立清算组进行清算，债权人也不向人民法院申请指定清算组进行清算的，外商投资公司的权力机构、股东、债权人可以根据《外商投资企业清算办法》的规定向审批机关申请组织特别清算。
此外，外商投资法与公司法又各有自己独有的特定事项和内容。如外商投资企业法中关于合资合同、合作合同的规定，关于外国合营者投资比例的规定，关于中外合作经营企业先行回收投资的规定等。相对的，公司法中也有许多外商投资企业法中没有的内容，如XX公司最低资本限额的规定，无形资产出资比例限制的规定，股东会、监事会的设置等。
二、外商投资法与公司法的融合趋势
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