御花园有三方奇石为木变石、诸葛拜北斗和海参石，其余都不属于故宫御花园的三奇石。
1、“木变石”，另有硅化木、木化石、树化玉等称谓，属于化石类观赏石；始称见于唐宋时期，宋代《云林石谱》有述，故宫御花园唯此一件，且有乾隆御题之诗。
2、诸葛拜北斗石，整体上，该石的水洗度、包浆感、质呈现，均在上等。但是石体上部有一伤肉的“疤痕”，在观赏面居中，故画面有失“中和”。但该石的传承项权重为首位，且为道家题材，“天人合一”，因而可以按照《观赏石鉴评》标准评为90分以上的特级观赏石。
3、海参石，系珊瑚排泄物化石，属于中型观赏石，为御苑传承石中仅见。造型独特，其形恰如一条条首尾相连的“海参”，因而被命名为“海参石”。
该石呈半透明状，动感十足，石上布满毛绒绒的刺，憨态可掬，惹人驻足。据说此石在明代已落脚于此，寓意吉祥如意。
木变石虼立在园中绛雪轩迎面的雕石架上。
它是由一段远古的树木经过自然界的长期作用而形成的。这块化石粗看不象是石质的，倒极象是一段久经风吹雨淋的腐朽残木，遍身狼藉。背面还有斑斑蛀孔。
故宫御花园只有走到跟前，从那灰褐的断剥处仔细辨认，再加上用手指轻轻敲几下，方能使人确信这是一块石头。乾隆皇帝帝十分喜爱这块木变石。