换个姿势了解蛋白质Marker！
蛋白分子量标准，常称之为蛋白Marker。在免疫印迹（Western blot）试验中，分子量Marker虽不起眼，但意义重大，是阳性对照，是大小的标准，是必须的。只有Marker精确无误了，实验结果才有说服力。除此之外，蛋白Marker还能够提示电泳是否正常，转移是否成功等信息。
在实验中经常会说“跑”电泳
我们可以用
“团队障碍跑”
来描述蛋白质在凝胶中的运动
体型大的阻碍大，跑的慢
体型小的阻碍小，跑的快
对于未知蛋白组
我们可以根据它的停止时位置
分析和区分其中蛋白质的大小
这就要求我们设置一个特殊的赛道
“Marker组”
让具有指示性的蛋白质组（Marker）一起移动
在相同的时间内
与蛋白质“裁判”跑一样距离的
其分子大小也是一致的
Marker组的分子大小我们是知道的
就可以根据目的蛋白的大小进行筛选
再对目的蛋白进行后期的分离与检测
蛋白质电泳示意图
蛋白Marker可分为两大类：
1、未预染的Marker
按照包含的蛋白质分子量大小来区分，又可以分为：宽分子量蛋白Marker、高分子量蛋白Marker以及低分子量蛋白Marker
2、预染的Marker
按照染料颜的多少可以分为：单预染和多预染。
【未预染的Marker】
这是最简单，也是最准确的一种。由于没有附带染料分子或者是标记分子，所示大小正好是蛋白原本的大小，是精确判断蛋白大小所必须的。
1、宽分子量蛋白Marker
如果从实验室总体考虑的，就选范围尽量宽，条带分布比较均匀的，这样你的蛋白无论在哪个区间都容易判断，避免落在一段空白区域中。
不过条带越多，每次上样量也就越大。拿到Marker后，如果买的是大包装，就应该考虑分装，尽量避免反复冻融。
另外，宽分子量蛋白Marker不一定每一条都能够看到，特别是小分子量蛋白。如果侧重大蛋白，那小的可能就已经跑掉了。
2、高分子量蛋白Marker
通常在检测大分子量蛋白时使用高分子量蛋白Marker。
3、低分子量蛋白Marker
在一般的蛋白电泳当中，更常用的是低分子量蛋白Marker，除了有指示蛋白大小的作用以外，有时还可用作粗略的定量。
在低分子量蛋白Marker这里还包括特别小的蛋白Marker，比如30kD以下蛋白或者小分子活性肽等。特别小的蛋白Marker条带如果要显好，上样一定要上足。
【预染的Marker】
预染蛋白分子量（prestained Marker），也叫预染Marker，是将Marker的蛋白，通过与染料共价耦联，在电泳过程中或者转膜时可以肉眼直接观察到的一种蛋白分子量Marker。预染Marker带来了很多方便，可以帮助我们在电泳时、电泳后，以及转膜后监测电泳情况和估计迁移率。比如，已知垂直电泳最佳分辨区域大约在胶的2/3处，如果使用预染Marker就可以预测目标蛋白进入最佳分辨区时停止电泳以得到最佳分辨效果；如果观察到Marker电泳异常也可以及时终止电泳。另外在Western Blot转膜以后可以直接观察蛋白转膜是否完全。Marker和染料一同转移到膜上，可以方便的用来对照显后的目标蛋白大小。
预染Marker可以分为两种：单预染和多预染（又称为彩虹Marker）。单的Marker通常是利用其中某些条带加倍浓度来提示其大小的，观察起来不是很方便。彩虹Marker，比较容易区分条带的大小。点击了解：彩虹预染蛋白质Marker，WB稳了！）
单预染
多预染
单的Marker通常是利用其中某些条带加倍浓度来提示其大小的。如果想要在电泳过程中看到美丽的多条带或者单的Marker，往往需要比说明书里多加一些。
使用预染蛋白Marker有很多好处：
1、预测目标蛋白进入最佳分辨区时停止电泳以得到最佳分辨效果
2、观察到Marker电泳异常也可以及时终止电泳
3、另外在Western Blot转膜以后可以直接观察蛋白转膜是否完全，还可以在膜上标记蛋白分子量。
值得注意的是预染蛋白Marker与染料共价耦联，所以在不同的缓冲条件下电泳时迁移特性可能会发生某些变化，可能导致一些偏差，所以不太适合精确定位蛋白。
障碍跑不过多数情况下Marker的条带未必能和我们的目标蛋白完全一样，我们得到的也不过是一种Marker指示的参考大小。
所以如果不是要区分大小相近的条带，预染Marker还是很好用的，而且也可以和未染的蛋白Marker一起使用。由于转膜是一个将胶里的Marker转印膜上，所以需要的上样量相对少一些。