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分子模型实验报告
篇一：结构化学实验报告
重庆大学化学化工学院《结构化学》
实验报告
姓名学号：
年级专业：
指导老师：
重庆大学化学化工学院
20XX年12月21日
一、主要仪器设备及软件
1、仪器：用于计算的计算机。
2、软件：gview
A、建模软件
(1)chemoffice是一款广受化学学习、研究者好评的化学学习工具。
(2)gaussView主要功能有创建三维分子模型，计算任务设置全面支持gaussian计算，和显示gaussian计算结果等。
b、计算软件：
(1)gaussian:量子化学领域最著名和应用最广泛的软件之一，由量子化学家约翰波
普的实验室开发，可以应用从头计算方法、半经验计算方法等进行分子能量和结构；过渡态能量和结构；化学键及反应能量；分子轨道；偶极矩；多极矩；红外光谱和拉曼光谱，核磁共振，极化率和超极化率，热力学性质，反应路径等分子相关计算。
(2)materialsstudio：是AcceLRYs公司专门为材料科学领域研究者所涉及的一款可运行在pc上的模拟软件。
(3)VAsp是使用赝势和平面波基组，进行第一定律分子动力学计算的软件包。
(4)gamess-us:由于免费与开放源码，成为除gaussian以外，最广泛应用的量子化学软件，目前由Iowastateuinversity的markgorden教授的研究组主理。
(5)cAsTep:是由密度泛函理论为基础的计算程式所组成，同时采用平面波(planewave)为基底处理波函数，可针对具有周期性的固态材料表面进行化学模拟计算。
(6)ATK：是由丹麦公司QuantumwiseA/s开发的一款通用的电子态结构计算软件。其他量子化学计算软件目前，除了上面提到的几版著名量子化学计算软件之外，还有大量商业和免费的量子化学计算软件，其中绝大部分是从事量子化学或计算化学研究的实验室自行开发的，此外，一些著名的大型化学软件如hyperchem、chem3D、sybyl等，也包含有量子化学计算包。
二、实验目的
1、了解常用的计算方法及相应的基组，如半经验方法有Am1、pm3等，从头算法有hF、b3LYp、mpn、ccsD等，基组3-21g(d),6-31+g(d)等。
2、学会利用建模软件构建简单的化学分子；会设置gaussian的计算格式，能够对
计算结果进行利用分析；能够根据已学的理论知识利用软件判断简单分子的点，且会设置计算。
3、会利用gaussView画分子结构和分子轨道图；能够用分子轨道理论解释o2、n2、F2、等简单分子，将阶层分子轨道能级顺序与分子轨道对应。
4、通过计算用休克尔原理解释苯和氯苯的电子态。
三、实验步骤
1.利用gaussView建模
打开gaussView软件，执行File-new-createmodgroup(ctrln)打开一个新的窗口，点击File下面的6c按钮，出现元素中期表，点击o，选择下面的中间双键o，在打开的新的窗口中点
击两次，第二此点击没有o的双键末端，就建立成o2分子的模型。
2.gaussian计算
打开gaussian窗口从路径到保存o2-3.gjf和o2-1.gjf文件分别计算。
3.结果分析
(1)out或log文件
化学实验报告 (2）gaussView分析
(3)点开下面surfacesAvailable：选择要显示的分子轨道，然后通过surfaceActions-showsurface，调整位置，保存图形为bmp格式，然后通过surfaceActions-hidesurface隐藏显示轨道，选择下一个分子轨道保存。
4．同样的方法计算n2，F2、co、苯和氯苯。分析苯的休克尔分子轨道及相应的轨道类型。
实验数据：
1．o2单重态价电子组态：
2222?2σ2s2(σ?2s)(π2px)(σ2pz)(π2py)(π2px)
计算结果：
%chk=D:\structchemic\g09w\shiyanDATA\o2.chk
#hf/6-31+g(d,p)geom=connectivity
TitlecardRequired
01
o-1.327319590.412371130.00000000
o-2.488919590.412371130.00000000
122.0
2
分子轨道图：
σ2s22(σ?2s)(π2px)(σ2pz)22
o2三重态价电子组态：
2222?1?1σ2s2(σ?2s)(σ2pz)(π2px)(π2py)(π2px)(π2py)
计算结果：
%chk=D:\structchemic\g09w\shiyanDATA\o2.chk
#hf/6-31+g(d,p)geom=connectivity
TitlecardRequired
03
o-1.327319590.412371130.00000000
o-2.488919590.412371130.00000000
122.0
2
分子轨道图：
111
(σ2s)1(σ?2s)(σ2pz)(σ2px)
??000(σ2py)1(π?2px)(π2py)(π2pz)
2.n2价电子组态：
(1σg)2(1σu)2(1πux)2(1πuy)2(2σg)2
计算结果：
%chk=D:\structchemic\g09w\shiyanDATA\n2.chk
#hf/3-21+g*geom=connectivity
TitlecardRequired
01
n1.791237110.128865980.00000000
n0.699237110.128865980.00000000
123.0
2
分子轨道图：
(1σg)2(1σu)2(2πux)2(2πuy)2
(2σug)(1πgx)(1πgy)0(1σu)0
20
篇二：分子模拟实验实验报告生物大分子
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